origin主成分分析结果怎么看
一、操作说明 1.数据标准化 打开数据文件 CJ.sav,点击 “分析→描述统计→描述”,打开描述主 对话框,将相关变量选进“变量”勾选“将标准化的分另存为变
主成分分析的结果解读_主成分分析完了怎么线性回归
量(Z)”点击确定
spss主成分分析结果解读
结果分析
(1)KMO与巴特利特球形检验
由表可以知,巴特利特球形检验的统计量值为3960.473,相应的概率P值为0。在显著性水平下,应拒绝原假设,认为相关系数矩阵与单位矩阵存在显著差异。同时KMO值为0.844,根据Kaiser给出的度量KMO的标椎可知问卷题项适合做因子分析。
(2)公因子方差
提取值表示每个变量被公因子表达的多少,一般认为,大于0.7就说明变量被公因子很好地表达。由表可以看出,绝大多数变量的提取值大于0.85,变量能被公因子很好地表达。
(3)解释总方差
提取方法:主成分分析法
(4)旋转成分矩阵
提取方法:主成分分析法
(5)计算因子得分:因子分析是基于研究各题项之间的内部依赖关系,将一些信息重叠、相关性高的变量指标归结为几个不相关的综合因子的多重统计方法。通过SPSS23.0得出的成分得分系数矩阵,见表,可得到、、、、公因子的得分表达式为:
其中、、、、公因子分别代表基础技能,创新能力,资源运用,合作精神,创新思维。
主成分分析图怎么解读
从不同的侧面对数据的状况进行整体的反映。
PCA全名principal component analysis,即主成分分析。主成分分析是一组变量通过正交变换转变成另一组变量的分析方法,来实现数据降维的目的,转换后得到的这一组变量,即是主成分。
PCA还可以让我们非常直观地看出各个样本之间的相似性。在一张主成分分析图中,数个样本的点聚在一起,那么就说明这几个样本之间的相似性非常高;反之,如果几个样本的点非常分散,则说明这几个样本之间的相似性比较低。
主成分分析图怎么解读
在进行包含多个指标的综合评价时,客观且全面是对综合评价结果的必然要求。可惜的是,多个评价指标之间往往存在信息重叠的情况,此外还会存在量纲(计量单位)不统一、权重很难确定等问题。主成分分析方法能够解决以上问题。
电脑:华为MateBook14
系统:Windows10
软件:spss1.0
1、选择分析的数据。
2、选择菜单【分析】-【降维】-【因子分析】。
3、打开对话框,将相关变量选入到变量栏中。
4、击得分按钮,选中保存为变量和显示因子得分系数矩阵。
5、打开描述选项,选择如下。
6、打开选项按钮,选择如下。
7、确定,结果如下。
pca主成分分析结果解释
PCA (Principal component analysis)
在拿到测序公司给的生信分析报告的时候,我们可能会看到一张主成分分析(principal component analysis,PCA)图。
大部分就写成组与组之间存在显著分离,然后就没啦,这样是不是有点过于单薄。
如何才能读懂PCA图的组成部分,并且写出完整的结果描述呢?看完这篇就知道啦。
【概述】
一般来说,研究中涉及一个变量,两个变量以及三个变量时,可以分别绘制成一维,二维,和三维空间图来展示结果。然而,涉及到多个变量时,结果过于复杂,无法准确的展示。这时,用到PCA分析的关键一步,降维。简单来说,通过减少数据中的变量来化简数据;这里的减少指标,并不是随意加减,而是用复杂的数理知识,得到几个“综合指标”来代表整个数据,这个综合指标就是所谓的主成分!
【简单的两组比较】
先观察一下图片中的组成成分,主要包括主成分和样本点。每组的样本都用圆圈进行聚类,每个部分代表的内容如图所示。
图片来源于:PMCID: PMC7011317
【多组处理比较】
图片来源于:PMCID: PMC7585944
【PCA biplot(涉及箭头)】
图片来源于:PMCID: PMC8085102
【其他类型】
两个线条之间的夹角,可理解为两个变量之间的相关性
夹角小于90度,可以认为两个变量正相关
大于90度,可以认为两个变量负相关。
图片来源于:PMCID: PMC8224010
通过某个变量所代表的线条在PC1和PC2上的投影,我们可以看出这个变量对样本分离的贡献度,线条越长,代表投影越大,影响越显著。
图片来源于:PMID: 29723835
【小结】
PCA常见图片的结果解读就到这里啦,从实战中更清晰的了解PCA图。
相信阅读完以后,对于写作会有一定的帮助。
总的来说,描述的时候不仅要考虑样本的重复性,还要观察该结果的生物学意义。
搞清楚原理后,不管遇到什么样的PCA图,都可以应对的游刃有余了。
跟着SCI文献读懂PCA图片的内容和原理,看完这篇就全明白啦! - 云生信学生物信息的文章 - 知乎